土壤中有成千上万种微生物，千百年来各种微生物同在一个环境中生存繁衍，相处得相安无事。由于人类想从土壤中获取更多的利益，于是就过度扩展土壤，表现在增加复种指数，滥施滥用化学肥料，施用未腐熟的农家肥等。

——如果复种指数提高又不能倒茬，病原微生物就会重复侵染这种植物的根系，形成重茬障碍 ；

——我国化肥的亩用量已经达到了世界平均水平的1.6倍 ，经济作物用量更大，产生的直接结果就是土壤板结。这种土壤透气性就差，植物根系呼吸作用产生的排泄物难以被降解，形成土壤污染，导致植物根系病害；

——未腐熟的有机肥中含有大肠杆菌等病原微生物，也是土壤的污染源。

腐植酸有机肥解决土壤污染，有化学方法和生物方法。化学方法就是应用消菌剂处理土壤，由于化学消菌剂有好坏“通吃”的特点，在杀灭病原菌的同时，对有益菌的杀伤力会更大，导致土壤中菌群不平衡，可能一时凑效，从长远看却是弊大于利。

腐植酸有机肥就是施用微生物肥料。有益微生物形成的相对种群优势，不仅能“吃掉”病原菌，还能变废为宝。比如，有些微生物能把固定在土壤中的氮素化肥进行提高活性，改良土壤板结，增加土壤供氧能力，降解根系呼吸作用产生的排泄物，同时又把活跃的化肥变成植物的氮素营养。又如，有机肥自然腐熟靠的是天然微生物，因此，有机肥自然腐熟是一个缓慢的过程，大部分农民使用的都是未腐熟或未完全腐熟的有机肥，这种有机肥不但没用反而有害。应用微生物肥料，就能短期内把已经施入土壤中的有机肥腐熟，除掉其中的有害菌，增加对土壤和植物真正有用的有机质。

腐植酸有机肥在土壤污染治理过程中还少不了“极端微生物”来搭把手。刘志恒介绍，极端微生物是指那些在一般生物无法生存的条件下，如高酸、高碱、高温、低温等条件下能生存的微生物。比如一些芽胞化的菌种就属于“极端微生物”。